2008年2月28日，昆明出口加工区通过国家发展改革委、海关总署等国务院九部委的验收正式封关运行，标志着云南经济朝外向型经济方向发展的开始。7月11日，昆明海关在昆明出口加工区正式设立通关监管、服务常设机构并开始工作。

　　但是，云南出口加工贸易基础薄弱。2008年昆明96亿美元的进出口额，只有5亿美元是以加工贸易为主。同时，2008年进一步深化的全球金融危机使得中国的加工贸易出口受到严重打击，昆明出口加工区也因此流失了一些项目。

　　2008年底，国家同意全国范围全部56个出口加工区拓展保税物流功能。这一决定打破了昆明出口加工区单一从事加工贸易业务的局面，也为昆明出口加工区向集保税物流、国际贸易等为一体的综合型保税区域转型奠定了基础。昆明出口加工区保税物流园区项目预计2009年下半年开工，总用地约为470亩，建筑面积约40万平方米，总投资为8亿，其中保税物流监管系统投资4.5亿元。建成后，预计年产值将达60亿元。其政策优势在于国内货物进入园区视同出口，出口即办理退税，一方面缩短退税办理时间，另一方面可以减少企业占用资金。

　　昆明出口加工区邻近昆玉、昆石高速公路，南昆铁路的货运站、昆河铁路（轻轨线）、昆洛路、广福路及昆明绕城高速。保税物流园区项目在设计上将力求打造成中国面向东南亚、南亚地区的重要保税物流结点，中国西南部地区的保税物流基地，云南省保税物流中心，构筑公路、铁路、航空联运的物流平台。另一方面，项目基于出口加工区的功能拓展综合保税物流功能，兼具口岸和贸易功能，有口岸即可报关，无需二次转关，大大缩短了时间成本和运输成本。更重要的是，此举增强了区位优势，增加了地方税收。加工区可收取5%的营业税，增强可持续发展的能力，同时整合昆明一大批物流企业，涵盖国际贸易、采购、研发、检测维修等各个领域。